《西南大学学报（自然科学版）》是由教育部主管，西南大学主办，西南大学期刊社编辑出版的综合性自然科学学术月刊，创办于1957年，原名《西南农业大学学报（自然科学版）》，从2007年起更名为现名，更名以来获奖情况如下。
| 年份 | 奖项 | 颁奖单位 |
| 2023 | 川渝一流科技期刊 | 重庆、四川科协 |
| 中国农业期刊优秀团队 | 中国农业期刊网编辑委员会 | |
| 中国农业期刊编辑风采 | 中国农业期刊网编辑委员会 | |
| 中国高校科技期刊建设示范案例库 优秀团队 | 中国高校期刊研究会 | |
| 西牛计划之优秀团队 | 西部科技期刊联盟 | |
| 第6届中国精品科技期刊 | 中国科学技术信息研究所 | |
| 2022 | 百佳科技期刊 | 中国高校科技期刊研究会 |
| 学术名刊 | 重庆市高校期刊研究会 | |
| 精品中文科技期刊 | 西部科技期刊联盟 | |
| 2021 | 川渝一流科技期刊 | 重庆市科协、四川省科协 |
| 重庆市高品质科技期刊 | 重庆市科协 | |
| 重庆名刊 | 重庆市期刊协会 | |
| 精品科技期刊 | 重庆市科技期刊编辑学会 | |
| 优秀编辑团队 | 重庆市科技期刊编辑学会 | |
| 十佳编辑团队 | 西部科技期刊联盟 | |
| 2020 | 2020中国精品期刊 | 中国期刊协会 |
| 百佳科技期刊 | 中国高校科技期刊研究会 | |
| 学术名刊 | 重庆市高校期刊研究会 | |
| 第5届中国精品科技期刊 | 中国科学技术信息研究所 | |
| 2019 | 优秀团队 | 中国高校科技期刊研究会 |
| 优秀团队 | 重庆市科技期刊编辑学会 | |
| 2018 | 百佳科技期刊 | 中国高校科技期刊研究会 |
| 2017 | 优秀团队 | 中国高校科技期刊研究会 |
| 优秀网站 | 中国高校科技期刊研究会 | |
| 第4届中国精品科技期刊 | 中国科学技术信息研究所 | |
| 2016 | 百佳科技期刊 | 中国高校科技期刊研究会 |
| 百种中国杰出期刊 | 中国科学技术信息研究所 | |
| 2015 | 百种中国杰出期刊 | 中国科学技术信息研究所 |
| 优秀网站 | 中国高校科技期刊研究会 | |
| 优秀团队 | 重庆市科技期刊编辑学会 | |
| 2014 | 第5届中国高校精品科技期刊 | 教育部科学技术司 |
| 第3届中国精品科技期刊 | 中国科学技术信息研究所 | |
| 2013 | 百种中国杰出期刊 | 中国科学技术信息研究所 |
| 优秀团队 | 重庆市教育委员会 | |
| 中国科技论文在线优秀期刊一等奖 | 教育部科技发展中心 | |
| 2012 | 第4届中国高校优秀科技期刊 | 教育部科学技术司 |
| 中国科技论文在线优秀期刊一等奖 | 教育部科技发展中心 | |
| 2011 | 优秀团队 | 教育部科学技术司 |
| 中国科技论文在线优秀期刊一等奖 | 教育部科技发展中心 | |
| 百种中国杰出期刊 | 中国科学技术信息研究所 | |
| 第2届中国精品科技期刊 | 中国科学技术信息研究所 | |
| 2010 | 十佳科技期刊 | 重庆市新闻出版局 |
| 2009 | 先进集体 | 重庆市教育委员会 |
| 优秀编辑质量奖 | 中国高校科技期刊研究会 | |
| 2008 | 第2届中国高校精品科技期刊 | 教育部科学技术司 |
| 一级期刊 | 重庆市新闻出版局 | |
| 先进集体 | 中国高校科技期刊研究会 |
