《西南大学学报（自然科学版）》是由教育部主管，西南大学主办，西南大学期刊社编辑出版的综合性自然科学学术月刊，创办于1957年，原名《西南农业大学学报（自然科学版）》，从2007年起更名为现名，更名以来获奖情况如下。
| 年份 |
奖项 |
颁奖单位 |
| 2023 |
川渝一流科技期刊 |
重庆、四川科协 |
| 中国农业期刊优秀团队 |
中国农业期刊网编辑委员会 |
| 中国农业期刊编辑风采 |
中国农业期刊网编辑委员会 |
| 中国高校科技期刊建设示范案例库 优秀团队 |
中国高校期刊研究会 |
| 西牛计划之优秀团队 |
西部科技期刊联盟 |
| 第6届中国精品科技期刊 |
中国科学技术信息研究所 |
| 2022 |
百佳科技期刊 |
中国高校科技期刊研究会 |
| 学术名刊 |
重庆市高校期刊研究会 |
| 精品中文科技期刊 |
西部科技期刊联盟 |
| 2021 |
川渝一流科技期刊 |
重庆市科协、四川省科协 |
| 重庆市高品质科技期刊 |
重庆市科协 |
| 重庆名刊 |
重庆市期刊协会 |
| 精品科技期刊 |
重庆市科技期刊编辑学会 |
| 优秀编辑团队 |
重庆市科技期刊编辑学会 |
| 十佳编辑团队 |
西部科技期刊联盟 |
| 2020 |
2020中国精品期刊 |
中国期刊协会 |
| 百佳科技期刊 |
中国高校科技期刊研究会 |
| 学术名刊 |
重庆市高校期刊研究会 |
| 第5届中国精品科技期刊 |
中国科学技术信息研究所 |
| 2019 |
优秀团队 |
中国高校科技期刊研究会 |
| 优秀团队 |
重庆市科技期刊编辑学会 |
| 2018 |
百佳科技期刊 |
中国高校科技期刊研究会 |
| 2017 |
优秀团队 |
中国高校科技期刊研究会 |
| 优秀网站 |
中国高校科技期刊研究会 |
| 第4届中国精品科技期刊 |
中国科学技术信息研究所 |
| 2016 |
百佳科技期刊 |
中国高校科技期刊研究会 |
| 百种中国杰出期刊 |
中国科学技术信息研究所 |
| 2015 |
百种中国杰出期刊 |
中国科学技术信息研究所 |
| 优秀网站 |
中国高校科技期刊研究会 |
| 优秀团队 |
重庆市科技期刊编辑学会 |
| 2014 |
第5届中国高校精品科技期刊 |
教育部科学技术司 |
| 第3届中国精品科技期刊 |
中国科学技术信息研究所 |
| 2013 |
百种中国杰出期刊 |
中国科学技术信息研究所 |
| 优秀团队 |
重庆市教育委员会 |
| 中国科技论文在线优秀期刊一等奖 |
教育部科技发展中心 |
| 2012 |
第4届中国高校优秀科技期刊 |
教育部科学技术司 |
| 中国科技论文在线优秀期刊一等奖 |
教育部科技发展中心 |
| 2011 |
优秀团队 |
教育部科学技术司 |
| 中国科技论文在线优秀期刊一等奖 |
教育部科技发展中心 |
| 百种中国杰出期刊 |
中国科学技术信息研究所 |
| 第2届中国精品科技期刊 |
中国科学技术信息研究所 |
| 2010 |
十佳科技期刊 |
重庆市新闻出版局 |
| 2009 |
先进集体 |
重庆市教育委员会 |
| 优秀编辑质量奖 |
中国高校科技期刊研究会 |
| 2008 |
第2届中国高校精品科技期刊 |
教育部科学技术司 |
| 一级期刊 |
重庆市新闻出版局 |
| 先进集体 |
中国高校科技期刊研究会 |
